El padre Pantoja, de 76 años, había comenzado a sentirse enfermo a principios de diciembre y, a través de una prueba, resultó positivo para Covid-19. Durante varios días fue atendido en su domicilio, hasta que su salud se deterioró y fue trasladado a un hospital privado al norte de Saltillo. Aunque los médicos habían informado de una leve mejoría, lamentablemente el viernes 18 su estado empeoró y sufrió un infarto. Su muerte se produjo precisamente en la vispera del "Día Internacional del Migrante".
En el mensaje de la diócesis de Coahuila enviado a la Agencia Fides, se pide a los fieles que recen por el sacerdote, que ha dedicado su ministerio a la defensa de los derechos humanos de los migrantes, refugiados, trabajadores, agricultores y personas sin hogar. También expresó sus condolencias al personal de la "Casa del Migrante", que durante 20 años ha sido refugio de miles y miles de inmigrantes que pasan cada año en busca de mejor suerte en Estados Unidos.
El padre Pedro nació en el estado de Durango, pero era hijo adoptivo de Coahuila, vivía en Parras, la región del Carbonífero, donde lideraba los movimientos mineros, Acuña y Saltillo. Siempre ha sostenido que los migrantes no son delincuentes, sino que si se mueven es porque los impulsa la violencia, la inseguridad y el hambre.
Llevaba una vida sencilla y no temía presentarse en el cuartel para defender a los migrantes, al mismo tiempo no dudaba en ayudar a descargar las verduras de los camiones de los proveedores para alimentar a los huéspedes de la Casa del Migrante. Más de una vez, negándose a recibir regalos y dinero de los Narcos, fue amenazado de muerte e incluso golpeado. Además de la Casa del Migrante en Coahuila, el Padre Pedro también será recordado por la creación de la Casa del Migrante en Acuña.